1、土地使用年限不同

综合楼，一般都是商业性质，土地使用年限为50年，而门市房的主要用途是购房者自住，产权年限一般为70年，

2、购房成本不同

因为综合楼的性质比较特殊，所以购房优惠是不包括这类房产的，在纳税方面需要支付更多费用，而门市房就不一样了，只要房产满足相应的年限，且是卖方唯一住宅，就可以享受免征或者减免的优惠政策，比如契税，商业性质的税率为3%，而门市房根据面积大小，税率在1%-3%。