广东省内的自建房不允许超过6层的原因可能涉及到多方面的考量。

首先，广东作为一个地处南方的省份，地震等自然灾害的频率相对较高，高楼建筑在地震时的安全隐患增加。

其次，广东省内城市人口密度相对较大，若任由自建房建造高层建筑，会造成城市交通、采光等问题的进一步恶化。

再次，一些私人建造的高层房屋由于缺乏规划和监管，可能存在建筑质量不稳定、消防安全等问题，容易造成人员伤亡和财产损失。总之，限制自建房高层建筑建造可以确保城市规划、人员和财产安全等方面的保障。