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颜宁曾获Science/AAAS和GE Healthcare “青年科学家奖”（北美地区）、美国HHMI首届国际青年科学家奖、“中国优秀青年女科学家奖”、何梁何利基金科学与技术进步奖、国际蛋白质学会青年科学家奖、赛克勒国际生物物理奖、亚洲及大洋洲生物化学家和分子生物学家联盟（FAOBMB）“卓越研究奖”、以色列魏斯曼研究所颁发的国际“女科学家奖”、国际生物物理协会颁发的Anatrace膜蛋白研究奖等荣誉。2019年当选美国科学院外籍院士，2021年当选美国艺术与科学院外籍院士。