在公路工程第100章招标时，如果清单中有重复结算的项目，需要进行审计处理。具体处理方法如下：

1. 首先，审计人员应当认真核对清单中的每一个项目，找出其中的重复项目。

2. 对于每个重复项目，审计人员需要核实其原始凭证，查看是否存在重复计算、重复报销等问题。

3. 如果发现重复计算、重复报销等问题，审计人员需要及时通知招标人或承包商，要求其进行整改。

4. 如果招标人或承包商无法提供合理的解释或证据，审计人员可以根据实际情况进行调整，将重复计算的金额予以扣除，确保清单的准确性和合法性。

总之，在公路工程第100章招标时，清单中出现重复结算的问题需要引起重视，审计人员需要认真核查，及时处理，确保清单的准确性和合法性。