1. 确认两个公司收入、税前扣除等信息的准确性：在确认时，需要仔细核对相关信息，确保其准确性。如有疑问，需要及时与公司沟通，获取正确的数据。
2. 分别计算个人所得税：在确认好相关数据后，需要分别计算两个公司的个人所得税，可以使用个税APP、网站等工具进行计算。在计算时，需要按照规定扣除五险一金等信息，并考虑其他扣除项。
3. 对比差异，如有需要与公司沟通：在分别计算个人所得税后，需要对比两个公司的差异，如有异常，需要及时与公司沟通，了解原因并解决问题。
4. 确认最终的应退税或补税金额：在完成上述步骤后，需要确认最终的应退税或补税金额，并在规定时间内完成退税或补税。
总之，在进行综合所得年度汇算时，需要注意相关规定和流程，确保自己的合法权益得到保障。如有疑问，可以咨询税务部门或专业的财税机构获得帮助。