港股通医药是指在香港股票市场上，由内地投资者通过港股通机制购买的医药类股票。而恒生医药则是香港恒生指数中专门涵盖医药类股票的指数，包括了香港本地和国际医药类公司。两者的区别在于前者是一种交易工具，后者则是一个指数。