他项权证是由不动产证登记部门发出来的，最后还是由不动产登记部门收回。

房屋办理抵押贷款后，银行向不动产证登记部门申请进行抵押登记，同时发他项权证。贷款结清后，银行注销抵押登记，不动产登记部门收回他项权证。