公司补缴社保的最佳方法是先确认补缴的具体金额，并与员工协商达成一致。

接着，在办理补缴前，公司需要核实之前未缴纳的社保费用以及相关手续。

最后，按照规定的流程和时间节点，向社保机构缴纳未缴纳的社保费用。

在此过程中，公司需要保留相关证明文件，以备日后的审计或核查。