由于保定十三中本部和深保校区都是保定市的知名高中，在教育质量和学术成绩上都相对较好。具体哪个强，还需要根据个人的需求和情况来具体考量。
保定十三中本部作为保定市的重点中学，历史悠久，师资力量雄厚，教学质量一直保持在较高水平。学校为学生提供了相对完备的教学设施和资源，并有较多的学术科研合作项目。学校在高考成绩方面长期保持较好的表现，多年来都有一定的高考状元产生。
深保校区是保定十三中下设的分校区，相对于本部规模较小。虽然相对本部来说资源有所限制，但学校在师资力量和教学管理上仍然有一定的优势。校区注重学生的个性化发展，开设了一些特色的课程和活动，培养学生的综合素质。