南京市民卡余额退款需要先确认自己卡内余额，然后前往市民卡服务网站或者相关银行网站登录账号，选择退费功能，填写退款信息并提交申请。审核通过后，银行将会将余额退至绑定的银行卡中。同时，需要注意的是，在申请退款前，需要先清除卡内所有已使用的服务，如公交、停车等费用，否则可能会影响退款流程。