个体工商户商店需要通过自然人劳动报酬所得申报方式进行纳税。具体操作步骤包括填写并提交《个体工商户所得税纳税申报表》，同时需要提交相关的收入证明、发票等纸质资料。

在申报过程中，需要保证所填写的信息准确无误，并确保在规定的时间内完成所有申报事宜。如有疑问，可以咨询当地税务部门或雇佣专业会计师进行指导。