万宁别墅价格相对较低的原因可能包括以下几点：

地理位置：虽然万宁是一个美丽的海滨城市，但相较于海南的其他热门旅游城市，如三亚，其知名度可能较低。因此，对于追求高知名度的购房者来说，可能会选择其他城市，导致万宁的别墅需求相对较低，价格也随之降低。

配套设施：虽然万宁的别墅环境优美，但一些购房者可能认为该地区的配套设施不够完善，如商业设施、教育资源等。这可能导致一些购房者犹豫购买，从而影响别墅的价格。

市场供需关系：房地产市场的价格受供需关系的影响。如果万宁别墅的供应量大于需求量，价格就可能下降。此外，开发商可能为了促销，会采取降价策略，以吸引购房者购买。

政策影响：政府的房地产政策也会对房价产生影响。如果政府出台了限制购房、提高首付比例等政策，可能会抑制购房需求，导致房价下跌。

请注意，房价是一个动态变化的过程，受到多种因素的影响。因此，以上原因可能只是影响万宁别墅价格的一些因素，具体价格还需根据市场情况而定。