制造纳米机器人，目前有物理和化学两种方法。物理方法是指制造纳米级精度的芯片所用到的光刻技术；而化学方法就是用化学物质合成分子零件。

制造出机器后，下一步就是让纳米机器人“跑”起来。在微观世界中，摩擦力、布朗运动等外因会对纳米机器人造成“降维打击”，因此驱动环节的实现十分困难。但正所谓办法总比困难多，研究人员也分别给出了各自领域的解决方法——物理上可以由磁场、电场作用产生动力；化学上可以依靠化学反应产生的能量来驱动前行；而从生物的角度，DNA纳米机器人的驱动依靠两条DNA结合链，当一条链和生物体内的DNA单链结合时，另一条链就是自由的，分子运动会让自由的结合链随机与另一根生物体内的DNA单链配对，这就相当于人类的双脚行走，从而实现空间的移动。