主要以昆虫和其他小型无脊椎动物为食。它们喜欢吃蚊子、蟑螂、蚂蚁、蜘蛛等昆虫，也会捕食小型的蜥蜴、蛇、青蛙等动物。在野外，它们通常会在树枝或树叶上等待猎物的出现，然后迅速抓住它们。

在人工饲养条件下，安汶斑帆蜥的饮食主要以昆虫为主，可以喂食蟋蟀、蚂蚱、蚕蛹等食物。另外，也可以适量添加小型的活体蜥蜴、蛇等动物作为食物。