厄尔尼诺形成的主要原因是海水升温，是大气和热带海洋相互作用的结果。厄尔尼诺的爆发与结束完全取决于由海洋和大气构成的耦合系统内部的动力学过程。

由于东南和东北太平洋，两个副热带高压的减弱分别引起东南信风和东北信风的减弱，造成赤道洋流和赤道东部冷水上翻的减弱，从而使赤道太平洋海水温度升高，形成了厄尔尼诺现象。