航头站为地下二层岛式车站，采用现浇混凝土箱式结构，沿南北向布置。车站地下一层为站厅层，中间为付费区，设有一个服务中心，两侧为非付费区，通过一条通道连接；站厅北侧为1号口，南侧为2、3号口。地下二层为站台层，设有一座岛式站台。站厅层与站台层通过2组自动扶梯、1组楼梯和1个无障碍电梯连接。