大理2023年灵活就业缴费有3笔费用的原因是，灵活就业人员需要缴纳社会保险费、公积金费和个人所得税。

社会保险费用包括养老保险、医疗保险、失业保险和工伤保险，用于保障灵活就业人员的基本社会保障权益。

公积金费用用于个人住房公积金的积累和使用。

个人所得税是根据灵活就业人员的收入额进行计算，用于纳税人的个人所得税缴纳。

这三笔费用的缴纳可以保障灵活就业人员的社会保障权益，提供住房公积金支持，并履行个人所得税的纳税义务。