如果在内审中发现了不合格项，第一步是立即采取措施进行纠正和整改。随后应及时通知相关人员，并进行记录和追踪，确保问题得到解决。同时，应从根本上找出问题产生的原因，采取相应的措施防止再次发生类似问题。

最终，需要将整个过程进行总结和反思，以提高内审的质量和效果。