如果卫星查出了荒山违建，相关部门会采取以下措施：

核实情况：相关部门会进行现场调查和核实，检查是否存在违建情况。他们会收集更多的证据进行评估，并根据规定采取相应的处理措施。

拆除违建：如果确认存在违建，相关部门会下达责令拆除的通知，迫使建筑业主进行拆除违规建筑的工作。如果业主不配合，相关部门可以采取法律手段进行强制拆除。

惩罚违法行为：根据法律和规定，违法建筑的业主可能会面临罚款、行政处罚或其他法律责任，以此来惩罚违法行为并起到警示作用。

因此，如果发现有违建行为，应该主动配合相关部门进行整改和拆除，遵守相关规定，以避免不必要的损失和惩罚。