这两个专业都是机械工程领域的重要分支，具有很高的就业前景和发展潜力。

机械自动化注重机械系统自动化控制技术的研究与应用，主要涉及传感器、控制器、执行器、机器视觉、机器人、自动化装备等方面；机械电子工程则是机械工程和电子信息技术的交叉领域，主要涉及机电系统、电气控制、数字信号处理、嵌入式系统等方面。哪个专业更好，取决于个人兴趣爱好和职业规划。

如果你对机器人、自动化控制技术、智能装备等方面感兴趣，那么机械自动化可能更适合你；如果你对机械设计、电气控制、数字信号处理等方面感兴趣，那么机械电子工程可能更适合你。但无论选择哪个专业，都需要具备扎实的数学、物理、材料等基础知识，同时也需要具备较强的计算机应用和沟通协调能力。