山西农村慢性病卡网上办理流程如下：

对定额门诊慢性病及县人民医院有认定资质的非定额门诊慢性病，参保患者持申报资料到参保地县人民医院医保科办理初审，初审合格后发放《门诊慢特病种（大额疾病）待遇认定申请表》，经责任医师审核签字后，医保科复核并签字盖章。医保科将审核合格的《门诊慢特病种（大额疾病）待遇认定申请表》和信息汇总表盖章后报市医保中心进行信息录入。对审核合格的参保患者，县人民医院医保科负责发放《门诊慢性病专用手册》，从当月开始享受待遇。

对县人民医院无认定资质的非定额门诊慢性病，参保患者持申报资料到参保地县人民医院医保科申请，医保科受理后要及时联系医联体医疗机构，充分发挥好医联体作用，做好病种的受理和鉴定工作。县人民医院医保科负责发放《门诊慢性病专用手册》，从当月开始享受待遇。

与家庭医生签约并采取药物治疗的"两病"患者，经家庭医生团队确认后，由县医保中心直接录入医保信息系统后享受待遇。