扣押营运车辆是一种行政强制措施，通常是为了制止违法行为、防止证据损毁、避免危害发生或控制危险扩大。对于扣押营运车辆的处理，以下是一些建议的步骤：
1. 到车辆户籍所在地的车辆管理部门查清车辆的基本情况，并作出准确的查封扣押手续。
2. 查封扣押裁定应及时送达双方当事人，责令车主交出车辆钥匙、行驶证、车辆购置税完税证明、交强险凭证、车辆登记证。如果车辆是营运车辆，还需要交出营运证。
3. 运管部门在扣车后应调查事实并立即作出处罚决定。如果没有进行处罚或者只是扣车而不作任何决定，这都是违法行为。
4. 根据《行政强制法》的规定，超期扣押车辆是违法的。交通执法机构在执法实践中，为制止违法行为、防止证据损毁、避免危害发生、控制危险扩大，经常依法对运输车辆采取扣押措施，但必须在规定的时间内完成处理。
5. 如果车辆因非法营运被扣，驾驶人需要接受处理或提供、补办相关证明。经过核实后，公安机关交通管理部门应当依法及时退还车辆。