根据我国法律规定，法院拍卖工厂设备时的优先顺序是：

1. 优先偿还劳动者的工资、医疗费用和社会保险费用等。

2. 其次偿还政府部门的税费等。

3. 再其次优先偿还拍卖财产的拍卖费用。

4. 若还有余额，再偿还债权人的债务，包括罚款、利息等等。

5. 如果还有剩余款项，可以归还拍卖申请人的相关成本费用。

因此，在还清优先顺序的费用后，剩下的款项才会被用来还房东的房租。但是在实际操作中，可能出现一系列的情况，例如拍卖的收入不足以偿还所有的优先顺序费用，或者拍卖被债权人取消等等，所以具体的情况需要根据实际情况进行判定。