所处范围的区别：南京城门以内均为内秦淮河，以外为外秦淮河。

流经区域的区别：内秦淮河：由东水关进入南京城，向西流至淮清桥与青溪会合，再向西南在利涉桥汇小运河，再经文德桥、武定桥、镇淮桥转折向西北，过新桥至上浮桥、陡门桥，与运渎水会合，再过下浮桥，向西经过夫子庙，从西水关出城。

内秦淮河流经白下、雨花台、秦淮、建邺、玄武、栖霞、鼓楼、下关8个区 。

长度的区别：外秦淮河：外秦淮河部分是公元916年南唐开国皇帝李昪为割据金陵，兴造都城时开挖的护城河。目前外秦淮河旅游范围东起武定门公园，西到三汊河入江口，全长12.5公里。