港澳通行证自由行（G签）和随团（L签）的主要区别体现在以下几个方面：

签注类型：G签是个人旅游签注，而L签是团队旅游签注。这是两者最本质的区别。

办理城市：办理个人G签的只能是已经开通港澳自由行的城市的居民，而没有开通自由行的城市的居民只能办理团队L签。

过关方式：G签的持有者可以从自己所在城市直接过关飞往香港，而L签的持有者则只能选择在深圳或珠海出关，不能直接飞往香港。但无论是G签还是L签，都可以从香港直飞回大陆国内城市。

综上所述，港澳通行证自由行和随团的主要区别在于签注类型、办理城市和过关方式。自由行更适合已经开通港澳自由行的城市的居民，而过关方式也更加灵活；而随团则更适合未开通自由行的城市的居民，且过关方式相对固定。