北京一卡通公交码可以在地铁站进行扫码乘车。持有一卡通的乘客可以在地铁站内使用一卡通手机客户端扫描乘车二维码，然后通过手机实现刷码进站乘车，实现便捷快速通行。此举旨在提升北京城市公共交通系统的便利性和智能化程度，使乘客在乘坐地铁的过程中能够更加便捷地实现乘车刷码支付和乘车记录查询。因此，持有北京一卡通的乘客在地铁站内同样可以使用公交码进行扫码乘车，享受便捷的出行体验。