上海市残疾人保障金申报流程包括：

1.准备申请材料；

2.提交申请材料；

3.等待审批结果；

4.领取保障金。申请材料需要提供身份证、医疗证明、残疾证、户口簿等相关证明文件。注意事项包括：材料齐全、真实有效、申请时需先办理医疗保险、严格按规定时限申请、遵守相关规定等。