北京自然博物馆和上海自然博物馆有很多不同之处，其中一些重要的区别如下：

1.位置和馆藏：北京自然博物馆位于北京市中心，馆藏丰富，有大量的化石、古生物和动物标本，如鸟类、两栖类、爬行类、哺乳动物和昆虫等。而上海自然博物馆位于上海市中心，馆藏较为有限，但是有很多珍贵的标本和化石，如上海地区的哺乳动物化石、蝴蝶标本等。

2.展览内容：北京自然博物馆的展览内容比较广泛，包括生物多样性、动物进化、古生物学、地质学等多个方面，同时还有一些特别展览，如“生命的演化”、“北京周口店遗址展”等。而上海自然博物馆的展览内容相对较为专业，主要展示上海地区的动物、植物和地质资源等，重点是动物化石和蝴蝶标本。

3.硬件设施：北京自然博物馆的硬件设施比较先进，有很多高科技展示设备和互动展项，如3D影院、互动展板等。而上海自然博物馆的硬件设施相对较为传统，展厅内的展示方式比较单一。