1. 目的地不同：内地公民因私事前往香港、澳门，凭我国公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证，从指定的口岸通行。护照的目的地则是第三国家。
2. 办理性质不同：港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。中华人民共和国护照是中华人民共和国公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件。
3. 签证或签注的办理机构不同：护照签证由大使馆签发，而港澳通行证由公安出入境部门办理。
4. 有效期不同：港澳通行证的签注有效期最长为1年，如果签注过期，还需要到公安出入境部门重新办理签注。
5. 作用不同：护照往往用于出国，而港澳通行证用于出境。