黄巾起义爆发后，汉灵帝以何进为大将军，率左右羽林五营士屯于都亭，整点武器，镇守京师；又自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，设置都尉驻防；下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军。并且，汉灵帝还采纳皇甫嵩的建议，大赦天下，鼓励各地的士族豪强组织兵马对抗起义大军。

因此，非常明显的是，起义爆发后，镇压黄巾军不仅有庞大的朝廷兵马，而且还有各地豪强的大小武装。比如大家熟悉的刘备，就在起义爆发了组织关羽、张飞等人前去平定叛乱。中平五年（188年），刘备参与镇压张纯叛乱的战斗，因为立下战功，所以被封为安喜县的县尉。所以，对于黄巾军来说，最终因为寡不敌众，这才走向了灭亡。