如果农村房产证被村里收上去，可以采取以下措施：

1、协商解决：首先尝试与村委会进行协商，看是否能够通过沟通解决问题。

2、申请调解：如果协商无果，可以向村委会申请调解处理，寻求第三方协助解决问题。

3、法律途径：如果上述方式都无法解决问题，可以准备起诉状向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。