个体工商户在汇算清缴时发现应纳税额为负数，通常表示其预缴的税款超过了实际应缴税款。要将其调整为零，个体工商户可以采取以下步骤：

首先，核实负数的原因，确保计算的准确性；

其次，如果确实存在多缴税款的情况，可以向税务机关提出退税申请，将多缴的税款退回；

最后，确保未来预缴税款时更加准确，避免出现类似情况。通过这些措施，个体工商户可以将汇算清缴的负数调整为零。