如果一个5岁的孩子不慎吃掉了一个小石头，这是一个严重的医疗紧急情况，因为石头不是食物，它对身体是异物，可能会导致以下问题：

1. 消化道伤害：石头可能会划伤食道、胃或肠道，引起出血、穿孔等严重伤害。

2. 阻塞：如果石头足够大，可能会导致消化道阻塞，影响食物的正常通过。

3. 消化不适：即使石头不大，也可能在消化道内引起不适感，如疼痛、呕吐等。

如果这种情况发生，应立即就医。医生可能会采取X光或其他检查来确定石头的位置，并决定如何处理。如果石头很小并且顺利通过消化系统，可能会自行排出，但仍需密切观察孩子的症状，并按照医生的建议行事。

此外，家长应密切监督孩子的行为，防止他们吞咽非食品物品，并教育他们了解什么东西可以吃，什么东西不可以吃，以避免此类事件的发生。