1998年出任中国国际电子商务中心国富通信息技术发展有限公司总经理；

1999年3月，马云正式辞去公职，凑够50万元人民币，开始了新一轮创业，开发阿里巴巴网站，并担任阿里集团CEO、董事局主席；

2004年12月，马云创立第三方网上支付平台支付宝；

2013年5月10日，辞任阿里巴巴集团CEO，继续担任阿里集团董事局主席；6月30日，马云当选全球互联网治理联盟理事会联合主席；

2014年9月19日，阿里巴巴集团于纽约证券交易所正式挂牌上市；

2015年11月4日，马云名列《福布斯》全球最有权力人物排行榜第22位；

2017年12月15日，马云以2700亿元人民币财富位居2018年胡润百富榜第一位；

2018年12月18日，党中央、国务院授予马云同志改革先锋称号，颁授改革先锋奖章；

2019年9月10日，马云将卸任集团董事局主席，并由CEO张勇接班。